Фамилия Самарин восходит к названию города Самара. Этот топоним, по одной из версий, происходит от греческих слов «samar» — купец, торговец и «ra» — древнего названия Волги. По другой гипотезе, свое название город получил от названия реки Самара, впадающей в Волгу у города.
На языках тюркских народов, когда-то кочевавших в заволжских степях, Самара — это «степная река». Впервые Самара упоминается в русских летописях 1361 года. Скорее всего, фамилия Самарин образовалась в это же время.