Фамилия Бабушкин восходит к прозвищу Бабушка — на Руси такое ласкательное обращение носило общий характер: так называли любую пожилую женщину. Скорее всего, такую фамилию получил воспитанник бабушки или ее любимец.
Фамилии, образованные от женских прозвищ, немногочисленны, поскольку традиционно за основу бралось имя отца как родоначальника и главы семейства. Такие фамилии обычно возникали, когда женщина становилась главой семьи в случае вдовства, тяжёлой болезни мужа или во время его отсутствия дома ввиду долгой службы в армии (во времена рекрутских наборов мужчины были обязаны отслужить в армии 25 лет).
Менее вероятной представляется связь фамилии Бабушкин со словом «бабуши» - турецкие туфли без задников.
